Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

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• __add__() : MCI_set_of_contacts
• __collect_boost_ids_recursive__() : PALSE_xml_DB
• __compute_false_positive_count__() : MCI_set_of_contacts
• __contains__() : MCI_set_of_contacts, MCI_solutions
• __copy__() : MCI_solutions
• __duplicate_boost_id_reference_recursive__() : PALSE_xml_DB
• __eq__() : MCI_set_of_contacts
• __fill_up_protein_to_neighbors_map__() : MCI_set_of_contacts
• __get_cost_due_to_weights__() : MCI_set_of_contacts
• __get_cost_edge_size__() : MCI_set_of_contacts
• __get_intersection_of_paths__() : PALSE_xml_DB
• __get_path_recursive__() : PALSE_xml_DB
• __getitem__() : MCI_solutions
• __hash__() : MCI_set_of_contacts
• __init__() : BM_Database, BM_Dataset, BM_Run_specification_tuple, MCI_set_of_contacts, MCI_solutions, MCI_specification, MCI_MILP_engine, GUIGeneratorManager, UiToJsonConverter, GUIInputPanelJsonGenerator, GUIUpdatePanelJsonGenerator, KpaxAlignmentGraph, KpaxPostAnalyzer, Chain_instances, Interface_oneside, Interface_pool, Interface_strings, MISA, MISA_constructor, Residue_mapping, PALSE_xml_DB, Genetrank_gene_radar, Genetrank_GeneProteinTranslator, Genetrank_Translations, Genetrank_network_statistical_analysis
• __iter__() : MCI_set_of_contacts
• __len__() : BM_Database, BM_Dataset, BM_Run_specification_ensemble, BM_Run_specification_tuple, MCI_set_of_contacts, MCI_solutions, PALSE_xml_DB
• __list_to_set_of_MCIcontact_instances__() : MCI_set_of_contacts
• __make_path_strings_as_list_recursive__() : PALSE_xml_DB
• __make_path_strings_as_xml_recursive__() : PALSE_xml_DB
• __read_annotated_contacts_from_file__() : MCI_specification
• __read_oligomers_from_file__() : MCI_specification
• __read_vertextypes_from_file__() : MCI_specification
• __repr__() : MCI_set_of_contacts
• __store_false_positive_count__() : MCI_set_of_contacts
• __str__() : MCI_set_of_contacts, Genetrank_Translations
• __tuple_to_instance__() : MCI_set_of_contacts
• _add_data() : BM_Dataset
• _add_option() : BM_IFO_set
• _add_tuple_option() : BM_IFO_set
• _align_second_structure_with_kabsch() : KpaxPostAnalyzer
• _apply_rigid_transform_to_pdb() : KpaxPostAnalyzer
• _copy_alignment_file() : KpaxPostAnalyzer
• _copy_structures_to_post() : KpaxPostAnalyzer
• _escape_for_python_string() : GUIInputPanelJsonGenerator, GUIUpdatePanelJsonGenerator
• _extract_pdb_files_from_log() : KpaxPostAnalyzer
• _extract_protein_details_and_statistics() : KpaxPostAnalyzer
• _extract_structure_data() : THREEJSBuilder
• _extract_vertex() : THREEJSBuilder
• _find_first_by_patterns() : KpaxPostAnalyzer
• _format_statistics_line() : KpaxPostAnalyzer
• _get_ofpath() : Params_IOI
• _load_ca_coordinates() : KpaxPostAnalyzer
• _load_from_directory_recursive() : BM_Dataset
• _parse_alignment_pairs() : KpaxPostAnalyzer
• _parse_log() : KpaxPostAnalyzer
• _prepare_ngl_visualization() : SpectraldomPostAnalyzer
• _render_dot_to_pdf() : KpaxPostAnalyzer
• _selected_class_labels() : THREEJSBuilder
• _set_default_template_folder() : GeneratorPanel
• _write_pdf_titles() : KpaxPostAnalyzer
• _write_summary() : KpaxPostAnalyzer