| add_bond(Particle_rep p, Particle_rep q, Bond_type bond_type=SIMPLE_BOND) | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| add_particle(const Particle_info &info) | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| are_1_2(Particle_rep p, Particle_rep q) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| are_1_3(Particle_rep p, Particle_rep q) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| are_1_4(Particle_rep p, Particle_rep q) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| bond_angles_begin(bool is_embedded=true) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| bond_angles_end(bool is_embedded=true) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| dihedral_angles_begin(bool is_embedded=true) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| dihedral_angles_end(bool is_embedded=true) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| get_bond(Bond_angle_rep b, unsigned i) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| get_bond(Torsion_angle_rep b, unsigned i) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| get_bond_rep(Particle_rep p, Particle_rep q) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| get_canonical_rep(Bond_rep b) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| get_canonical_rep(Bond_angle_rep a) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| get_canonical_rep(Torsion_angle_rep a) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| get_chain(char chain_id, Self &S) | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | |
| get_molecule(Particle_rep p, Self &S) | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| get_molecules(OutputIterator out) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| get_number_of_modeled_particles(void) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| get_number_of_particles(void) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| get_particle_rep(Bond_rep b, unsigned i) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| get_particle_rep(Bond_angle_rep b, unsigned i) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| get_particle_rep(Torsion_angle_rep b, unsigned i) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| get_particles_in_molecule(Particle_rep p, OutputIterator out) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| get_sub_structure(InputIterator begin, InputIterator end, Self &S) | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| improper_angles_begin(bool is_embedded=true) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| improper_angles_end(bool is_embedded=true) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| particles_begin(bool is_embedded=true) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | inline |
| print(std::ostream &out) const | T_Molecular_covalent_structure< Particle_info_ > | |
1.9.1